fastsurfer

fastsurfer-plugin

Vollständiges Claude-Code-Plugin für FastSurfer — die Deep-Learning-basierte Neuroimaging-Pipeline für volumetrische Hirnsegmentierung und Surface-Reconstruction.

Das Plugin verschafft Claude umfassendes operationales Verständnis aller FastSurfer-Komponenten und bietet kuratierte Slash-Commands für die typischen Workflows.

Dieses Plugin ist ein inoffizielles Tooling rund um die Arbeit anderer. Die gesamte wissenschaftliche und Engineering-Leistung liegt bei den unten genannten Upstream-Projekten. Siehe Danksagung und Wissenschaftliche Referenzen.

Inhaltsverzeichnis

• Danksagung & Upstream-Projekte

• Warum dieses Plugin?

• Quick-Start (in 3 Minuten)

• Voraussetzungen

• Installation

• Update

• Uninstall

• Components

• Typische Workflows

• Architektur

• Versions & Kompatibilität

• Designprinzipien

• Troubleshooting

• FAQ

• Entwicklung & Beitragen

• Wissenschaftliche Referenzen

• Lizenz

Danksagung & Upstream-Projekte

Dieses Plugin ist eine reine Tooling-Hilfe und wäre ohne die Arbeit der folgenden Teams und Projekte nicht möglich. Aller wissenschaftlicher Kredit gebührt diesen Quellen, nicht diesem Plugin.

FastSurfer

Entwickelt von der Deep-MI Lab am Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen (DZNE) unter Leitung von Martin Reuter und Team.

Repository: https://github.com/Deep-MI/FastSurfer Dokumentation: https://deep-mi.org/FastSurfer/ Lizenz: Apache-2.0

Mein Dank gilt insbesondere den (Co-)Erstautoren der zentralen Veröffentlichungen — Leonie Henschel, David Kügler, Santiago Estrada, Jennifer Faber, Emad Bahrami, Clemens Pollak, Kersten Diers — sowie allen weiteren Beitragenden auf GitHub.

FreeSurfer

Entwickelt am Laboratory for Computational Neuroimaging (LCN) des Martinos Center, Massachusetts General Hospital / Harvard Medical School unter Leitung von Bruce Fischl und Team.

Repository: https://github.com/freesurfer/freesurfer Website: https://freesurfer.net/ Lizenz: Non-Commercial (Details)

FreeSurfer ist die Foundation, auf der FastSurfer's Surface-Pipeline aufbaut, und beherbergt NextBrain im dev-Branch. Mein Dank gilt Bruce Fischl, Anders Dale, Martin Sereno, Rahul Desikan, Arno Klein, Jason Tourville und allen anderen Beitragenden über die letzten 25+ Jahre Pionierarbeit in der MRT-basierten Hirnsegmentierung.

NextBrain

Entwickelt am Centre for Medical Image Computing (CMIC), University College London (UCL) und am Martinos Center, MGH unter Leitung von Juan Eugenio Iglesias, mit dem Team von Adria Casamitjana, Oula Puonti, Matteo Mancini und Kollaborateuren.

Projekt-Homepage: https://github-pages.ucl.ac.uk/NextBrain/ Source-Code (in FreeSurfer-dev): https://github.com/freesurfer/freesurfer/tree/dev/mri_histo_util FreeSurfer-Wiki: https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/HistoAtlasSegmentation Finanzierung: ERC Starting Grant 677697 (BUNGEE-TOOLS) Lizenz: Non-Commercial (Teil von FreeSurfer)

Mein Dank gilt dem gesamten NextBrain/BUNGEE-TOOLS-Team für die ausserordentlich gründliche Histology-Annotation von über 300 Hirnregionen über fünf menschliche Hemispheren — eine fundamentale wissenschaftliche Ressource, die der Community Open-Source zur Verfügung gestellt wurde.

Foundation-Modelle & Methoden im NextBrain-Stack

• BrainFM (Modality-agnostic Foundation Model) — Peirong Liu et al.
• FireANTs (Diffeomorphic Registration) — Rohit Jena et al., University of Pennsylvania
• Casamitjana et al., Nature 2025 (NextBrain Atlas)
• Puonti et al., Imaging Neuroscience 2026 (Fast-Inference)

Vollständige bibliographische Quellen mit DOIs siehe REFERENCES.md. BibTeX-Einträge in CITATIONS.bib.